Vía Terrestre
Por las condiciones geográficas selváticas del Amazonas, el acceso al departamento solo se puede realizar por aire o de manera fluvial. Las pocas vías carreteables no cuentan con una estructura vial pavimentada. Solo son carreteras destapadas realizadas por mano de obra nativa.
Vía Aérea
Desde las principales ciudades del país, los vuelos llegan al Aeropuerto Internacional Alfredo Vásquez Cobo, de la capital del departamento: Leticia. El aeropuerto cuenta con la capacidad para recibir solo vuelos comerciales, regulares nacionales y chárter. Las aerolíneas que prestan el servicio son Aires, Aerosucre, Satena, Aerorepública-Copa y la Fuerza Aérea. El vuelo desde la capital Colombiana, Bogotá, hasta Leticia, tiene una duración de una hora y 45 minutos. Desde Leticia a cualquier otra ciudad colombiana se debe hacer siempre conexión en el aeropuerto de Bogotá.
Siendo frontera con los países de Perú, Brasil y Venezuela, a poca distancia de Leticia se encuentra el aeropuerto de Tabatinga, desde donde se pueden realizar vuelos a la principal ciudad amazónica de Brasil: Manaos.
Vía Fluvial
Las vías fluviales del Amazonas tienen acceso a todos los corregimientos del departamento desde el río Amazonas. Normalmente se utilizan para navegar lanchas rápidas, o canoas, entre otros medios de transporte.
Los llamados recreos proveen el principal medio de transporte, ya que consiste en una lancha que permite la diversión y el descanso mientras se viaja por el río amazonas disfrutando de los paisajes, la naturaleza, la flora y la fauna.